Durante la batalla de Tolemaida, tras la muerte del Gran Maestre Belljoch, y necesitando un líder que los dirigiese, eligieron rápidamente a Fr. Theobaldo Gaudini. Dada la extrema situación en que se hallaban, en compañía de los supervivientes Templarios y Teutónicos, el Gran Maestre Gaudini logró pactar una capitulación honrosa, en la cual se aseguraba de salvar la vida de todos se hallasen donde se hallasen, pudiendo llevarse los objetos que deseasen, y sobre todo que no se atentaría contra el honor de las mujeres y doncellas que se hallaban refugiadas en dicho cuartel del Temple.

 El sultán consintió y envió uno de sus estandartes como 300 turcos al cuartel de los Templarios, para vigilar  todos los conceptos de la capitulación. Sin embargo, la tregua fue rota cuando los caballeros descubrieron cómo los musulmanes abusaban de una doncella. Entonces, el Gran Maestre sacó las armas, derribaron el estandarte de la torre, degollaron a todos los turcos y se atrincheraron de nuevo en la torre, asumiendo que sería a muerte ese combate.

 En un instante, los musulmanes atacaron el cuartel y el castillo. Los Teutónicos capitularon, tratando con un Emir por su tropa únicamente.
 Los Templarios continuaron su heroica defensa hasta el 20 de mayo, día en que el Gran Maestre Gaudini, viendo la muerte cernirse sobre todos ellos, intentó hablar con el sultán con el fin de explicarle el motivo de su nuevo enfrentamiento; sin embargo, el sultán no quiso escucharle y mandó cortar la cabeza al jefe de la Diputación que había enviado el Gran Maestre, dando a entender que ésta sería la suerte de Gaudini. Durante la noche, Gaudini trató de salvar los archivos de la Orden y el tesoro embarcándolos en los buques, burlando la vigilancia musulmana.

 Finalmente se embarcó junto a otros diez Templarios sin advertirlo nadie. Entretanto, los demás Templarios eran atacados por todas partes hasta que la torre se desplomó finalmente. Los que defendían el cuartel del Temple fueron pasados a cuchillo, excepto las mujeres y los niños que quedaron en la esclavitud.

 A más de 40.000 ascienden los muertos o esclavos de Tolemaida, sin incluir en este número a 500 Templarios Tolemaida fue tomada un viernes a las 3, los cruzados y Templarios experimentaron la misma suerte que habían hecho experimentar a los musulmanes.

 Tras esto, el sultán se dirigió a Tiro, la cual se rindió al cabo de unos días de sitio. Sólo les quedaban a los cristianos dos plazas marítimas: Sidon y el castillo de los peregrinos. La primera se defendió heroicamente, aunque finalmente abandonaron la ciudad, así como el castillo de los peregrinos. Desde aquí, los Templarios pasaron a Antarade, donde fueron también sitiados, refugiándose por último en Chipre, en Tortosa o Arade.

 En este tiempo continuaba la guerra en todo su furor entre Alemania, Gran Bretaña y Francia. El 13 de agosto de 1296 el papa amenazó con la excomunión a los tres soberanos si no deponían las armas y si no sometían sus diferencias al arbitraje de la Santa Sede.

 Los reyes de Alemania y Gran Bretaña estuvieron de acuerdo, pero el rey de Francia, Felipe el Hermoso protestó diciendo que no reconocía ningún otro poder superior sobre la tierra. Esta era la primera vez que se negaba a la Santa Sede el derecho de intervenir en conflictos internacionales. Finalmente, el rey de Francia, agobiado por las dificultades, cedió, no considerando conveniente romper abiertamente con el papa, aunque jamás le perdonó la amenaza que le hiciera éste.

 Muchos incidentes tensaron aún más las relaciones entre el rey de Francia y Bonifacio.

 Bonifacio entonces excomulgó a Foix, absteniéndose de hacer lo mismo con el rey por su condición de soberano. Pero aún hizo más, erigió allí un Obispado y una Universidad. El rey consideró que estas medidas eran un agravio contra su autoridad real.

 Desesperado por reunir dinero suficiente para sus guerras, el rey aumentó los impuestos no solo sobre el pueblo sino también sobre la Iglesia, aun estando ésta exenta de tales pagos. Esto motivó las quejas de la Santa Sede.  El 18 de agosto de 1296 Bonifacio publicó la constitución Clericis Laicus, por la cual prohibía con pena de excomunión al Clero pagar al poder laico ninguna contribución extraordinaria sin el consentimiento y autoridad de la Santa Sede.

 En 1301 las querellas entre Felipe el Hermoso y el papa tomaron un carácter tan agudo y de una tirantez tan intensa, que hicieron presentir un rompimiento definitivo. 

 El rey no cesaba de comportarse como un tirano y usurpador y el papa no cesaba de amenazarlo aunque sin éxito. El rey escribió así al papa:

“Felipe, por la gracia de Dios rey de los Francos, a Bonifacio pretendido Papa, poco o nada de salud:
 Que vuestra grande demencia sepa,  que Nos no estamos sujetos a nadie en las cosas temporales; la colación de los beneficios y prebendas vacante, así como el derecho a percibir los frutos, nos pertenece en virtud de nuestra prerrogativa real; las provisiones que hemos dado y daremos son válidas en lo pasado y en lo venidero, y sostendremos a los poseedores ante y contra todos los que se opongan a ello. Nos, reputamos insensato a cualquiera que piense lo contrario. (…) El rey ".

  Tras recibir esta carta, el papa supo que su Bula había sido quemada en Francia.

 Aliados del rey tomaron el palacio de la Santa Sede con el papa dentro, gritando “¡Muera el papa!”, pero éste no huyó, sino que dijo “Vendido como Jesús moriré, pero moriré papa”. Acudieron en auxilio del Pontífice los habitantes de la ciudad,  que entraron en el palacio y echaron a los invasores al grito de: “¡Viva el papa y mueran los franceses!”. Una vez liberado y a salvo, a los 33 días del atentado, el papa falleció el 11 de octubre de 1303 por los atropellos de que fue víctima.

 El sucesor de Bonifacio fue Benedicto XI, elegido el 22 de octubre de 1303. Felipe el Hermoso, al saber la muerte de Bonifacio y la elección de Benedicto, no cabía de gozo, y felicitó al nuevo papa por medio de una carta. Sin embargo, falleció a los 8 meses y medio, el 7 de julio de 1304 por envenenamiento. El rey de Francia ideó entonces escoger un candidato a papa que fuese igual de inflexible que Bonifacio pero tan manejable como Benedicto, de forma que obedeciese ciegamente a Felipe el Hermoso.

 Tras más de 10 meses de discrepancias, se escogió un nuevo papa,  Clemente V, el 3 de junio de 1305.
 Apenas fue elegido papa, Felipe el Hermoso se apresuró a felicitarle y a entablar con él asuntos tan gravísimos que, según documentos oficiales, a excepción de los dos soberanos, nadie más podía saberlo.
 Este secreto debía ser religiosamente guardado, no obstante, el rey pidió al papa poder revelárselo a cuatro de sus ministros. El papa accedió. Este secreto no era otro que la trama urdida contra los Templarios.

 El mismo día de su coronación, Clemente V sufrió un percance que muchos consideraron un mal presagio, y es que en su camino al palacio un muro se cayó aplastando a varios nobles.  El mismo papa quedó derribado.

 Este suceso hizo ver a los italianos que su gobierno no sería pacífico y más aún cuando supieron la resolución del papa de permanecer en Francia. Otra de las acusaciones que se hicieron contra él fueron las relaciones íntimas que mantenía con la hermosa condesa de Perigord,  hija del conde de Foix, la cual seguía a Clemente por todas partes.

 A instancias del monarca, el papa dictó una Bula en la que absolvía al rey de los actos violentos e injustos de haber expulsado, tras maltratarlos y asesinar a unos y otros, a los judíos residentes en su reino y haberse apoderado de sus bienes. Clemente V, estando en Lyón, habló al rey de Francia de su deseo de hacer una nueva cruzada a Tierra Santa. El rey le prometió su apoyo pero con siniestro plan. El 8 de junio de 1306 el papa escribió a los Grandes Maestres para convocarlos en Francia y discutir los planes para la nueva Cruzada.

 En esos momentos, el Gran Maestre del Hospital estaba al otro lado del mar. El Gran Maestre del Temple, elegido en 1298 Jacques de Molay, obedeció al momento y esta obediencia fue, tal vez, la desgracia de la Orden.